2006年1月13日，立法院在混亂之中，通過了「石門水庫及其集水區整治特別條例」及「水患治理特別條例」，明定石門水庫6年250億及全台易淹水地區8年1160億，上限共1410億元的治水特別預算；當天，有許多環保人士聚集在立法院抗議，主要的原因在於：
一、原本是八年八百億的提案，被灌水強加成天文數字；
二、國內長年以來的水患治理，讓自然河川已經面目全非；
三、缺乏總體思考、長遠規劃之藍圖，而且還想避開環境影響評估機制；

一下雨就淹水，是許多人揮之不去的惡夢，在民怨排山倒海而來之下，2005年行政院提出了8年8百億解決淹水問題的政策。800億元是縣市管河川、區域排水及事業海堤粗估的經費。然而在2006年初，朝野立委競相加碼，擴增加入雨水下水道、農田排水、上游坡地水土保持與治山防洪的項目後，從原先的8年800億暴增為上限1160億元的「易淹水地區水患治理計畫」，同時更有立委要求比照增加6年250億元的「石門水庫及其集水區整治特別條例」，將兩案綁在一起通過，故最後的治水特別預算總額上限為1410億。