水利署, 水規所, 河川局等上級單位對於流量的計算方式有很多不同的質疑, 主要在於規劃公司從雨量所算出的流量看起來似乎太大, 而且對於完全除排方案三的方洪隧道的規劃也有不同意見. 宋德仁委員則建議就三個方案有沒有可能再綜合思考, 調和一些內容. 五股鄉公所則希望污水截流還是可以實施. 治水聯盟則對上游防砂壩以及河口的環境和稀有植物, 要求規劃公司詳加考量.

最後臺北縣水利局長李戎威認為需要考慮意見還太多, 暫時不便通過規劃報告並送往水利署審查. 水利局將和規劃公司就各方面的意見再討論後再正式提出期末規劃報告.